La loi organique du 19 mars 1999 institue en son article 213 : « Il est créé un comité consultatif de l’environnement comprenant notamment des représentants de l’État, du gouvernement, des provinces et des communes. Une délibération du congrès en précise la composition, le fonctionnement et les attributions ».
La création de ce comité a suscité de nombreux débats au congrès de la Nouvelle-Calédonie et il faudra attendre sept années avant que la délibération n° 155 du 9 janvier 2006 relative à la création du comité consultatif de l’environnement (CCE) soit votée à l’unanimité.
Le CCE se composait alors de quinze membres permanents :
La délibération n° 290 du 18 avril 2007 modifie celle du 9 janvier 2006 et porte la composition du comité consultatif de l’environnement à seize membres permanents. Les associations déclarées ayant pour objet la protection de l’environnement sont dotées d’un représentant supplémentaire.
La présidence du CCE est tournante. Elle est assurée successivement, pour des périodes d’un an, par le président du gouvernement de la Nouvelle-Calédonie, ou son représentant, puis par chacun des présidents des trois provinces de la Nouvelle-Calédonie, ou leurs représentants. C’est le président du congrès de la Nouvelle-Calédonie qui convoque la première réunion.
L’expertise scientifique est valorisée en instituant un conseil scientifique composé des organismes de recherche présents en Nouvelle-Calédonie. Les membres du conseil scientifique participent à titre consultatif aux travaux du comité.